改善土壤团粒结构
微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。

降解土壤污染物
微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。

防治病害线虫
土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害,提高作物产量和品质。对土壤进行“解毒”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。

平衡土壤元素
活性酶可促进土壤养分转化,有助增加土地肥力。天然矿物及植物元素加入有机肥中，最大效益是提高肥料的元素养份，尤是针对病害、植物老化、土壤病土化等问题，对于增加土壤内的天然元素起很大作用。